5 сентября 2013 года, в день 35-летия со дня кончины приснопамятного митрополита Никодима, в академическом храме в честь апостола и Евангелиста Иоанна Богослова ректор Санкт-Петербургской православной духовной академии епископ Петергофский Амвросий совершил заупокойную литию.
Лития в домовом академическом храме святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова началась сразу после утренних молитв. Перед заупокойной службой епископ Амвросий обратился к присутствующим преподавателям и студентам академии. Владыка рассказал о значении дел митрополита Никодима для Петербургской духовной академии и для Русской Православной Церкви, и призвал помолиться о бессмертной душе великого иерарха. В частности владыка сказал:
«Вспоминая сегодня покойного владыку Никодима, мы должны с благодарностью помолиться о его бессмертной душе. С благодарностью за ту жертву, которую он принес буквально собой. Умер он совершенно молодым человеком, в сорок девять лет, хотя внешне выглядел на семьдесят или восемьдесят. Это говорит о том, что за свою небольшую земную жизнь он смог деятельно, реально прожить в буквальном смысле две жизни, отдавая все свое время, все свои силы служению Церкви, которую очень любил. Будем молиться об упокоении его души и помнить о том мужестве и тех жертвах, которые принесли ради нас люди, служившие Русской Православной Церкви».
За богослужением Преосвященному владыке ректору сослужили протоиерей Виталий Грищук, проректор по воспитательной работе; иеромонахи Геннадий (Поляков), Серафим (Бубнов), Сергий (Иванов) и Афанасий (Букин), священники Андрей Парафенюк, Александр Зиновкин, Александр Кузнецов; протодиакон Кирилл Журавлев, иеродиакон Виталий (Морозов); диакон Глеб Седов.
В 10:00 в Троицком соборе Александро-Невской Лавры начнется заупокойная литургия, служение которой возглавит Высокопреосвященнейший Ювеналий, митрополит Крутицкий и Коломенский.