8 января 2013 года, в день празднования Собора Пресвятой Богородицы, в храме апостола Иоанна Богослова собрались преподаватели, учащиеся, сотрудники академии и прихожане академического храма, чтобы вознести совместную молитву и поздравить владыку ректора с праздником Рождества Христова.
Божественную литургию в этот день возглавил ректор Санкт-Петербургской духовной академии епископ Гатчинский Амвросий, которому сослужили: протоиерей Кирилл Копейкин, проректор по воспитательной работе протоиерей Виталий Грищук, проректор по учебной работе протоиерей Владимир Хулап, архимандрит Амвросий (Хорозидис), иеромонахи Геннадий (Поляков), Серафим (Бубнов), Амвросий (Мацегора), Иларион (Резниченко), священники Андрей Парафенюк, Александр Кузнецов, Илия Макаров, Дионисий Харин, Глеб Санюк, Александр Зиновкин и Алексий Красавин, протодиакон Константин Маркович, диаконы Кирилл Журавлев, Герман Ранне, Иоанн Тарасов, иеродиакон Виталий (Морозов).
За праздничным богослужением пел мужской академический хор.
По заамвонной молитве было совершено славление с пением тропаря, кондака и величания праздника Рождества Христова.
Затем епископ Амвросий поздравил всех начальствующих, учащих и учащихся, сотрудников академии, прихожан храма с праздником Воплощения Бога Слова, и обратился к ним с архипастырским словом, в котором в частности сказал:
«Если отвлечься от догматического восприятия события Воплощения Бога Слова, то, наверное, сегодня стоит обратиться с пожеланиями к Богомладенцу, Который пришел в этот мир и родился на земле. Всякий раз, когда рождается ребенок, окружающие задаются вопросом, что ожидает этого человека в его земном странствовании, желают ему многих благ, и прежде всего благ земных. Богомладенцу Христу прежде всего хочется пожелать терпения с нами. Наши неправда, ложь, неправедное поведение, человеческие склоки, интриги, — не могут не печалить этого Святого и Великого Младенца. Совсем не случайно, придя на землю, Он встретился сразу с человеческой несправедливостью, которая возвела Его на Крест… Поэтому, рассуждая сегодня о празднике Боговоплощения, мы должны так отнестись к Христу, чтобы не возвращать себе свою же неправду. Пусть страданий из-за наших ошибок в этом мире будет как можно меньше. Сегодня мы чтили Пресвятую Преблагословенную Владычицу нашу Богородицу, Которая во всем человеческом роде стала единственно способной быть лествицей Божества и вместила в Себя Невместимого. Мы всякий раз благодарим Ее за Ее личный подвиг и восхищаемся им, потому что сами по себе знаем, как нелегко сохранять себя в чистоте, хотя бы несколько часов, хотя бы несколько минут, не говоря уже о днях, месяцах, годах и десятилетиях жизни. Но когда человек в течение лет и десятилетий хранил Себя, чтобы стать чистым Вместилищем, это вызывает восторг, удивление, и даже, в какой-то степени со стороны нас, грешных людей, не достаточное понимание. Но Церковь живет опытом и этот опыт свидетельствует о том, что Она стала Единственной Наследницей нашего греховного человеческого рода, не имеющей личного греха и давшей нам возможность принять в этом мире Бога Слова. Пусть Богомладенец Христос помогает и нам вписывать в строки нашей жизни те слова и поступки, которыми пишется наше личное благовестие.»
Затем епископ Амвросий вручил Юбилейную медаль «В память 200-летия победы в Отечественной войне 1812 года», начальнику Службы по защите конституционного строя и борьбы с терроризмом Управления ФСБ РФ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области А. В. Вострякову.
По окончании богослужения была устроена праздничная трапеза, во время которой владыка ректор, а также учащиеся и гости академии поздравили друг друга с праздником. Преподавателями регентского отделения, мужским академическим хором, духовенством епархии, выпускниками, преподавателями и учащимися духовной академии были исполнены рождественские песнопения. Преподаватели регентского отделения устроили концерт классической музыки.