Происходил из семьи причетника церкви с. Красное Пудожского уезда. Олонецкой епархии. Воспитывался в Каргопольском ДУ и Олонецкой ДС. В 1859 г. закончил обучение в Санкт-Петербургской ДА со степенью магистра богословия. 14 ноября 1859 г. назначен преподавателем Олонецкой семинарии по логике, психологии, патристики и латинскому языку. 21 июня 1861 г. занял в СПбДА должность бакалавра по кафедре греческого языка. 18 ноября 1863 г. назначен на должность бакалавра по кафедре новой общей церковной истории. С 1884 г. занял кафедру истории и разбора западных исповеданий. 17 октября 1866г. возведен в звание экстраординарнаго профессора. 27 апреля 1875 г. защитил докторскую диссертацию на тему: «Изложение веры церкви армянской, начертанное Нерсесом, католикосом армянским, по требованию боголюбивого государя греков Мануила. Историко-догматическое исследование в связи с вопросом о воссоединении армянской церкви с православной» (СПб. 1875 г.). 10 июня 1875 г. избран в звание ординарного профессора. С 1874 г. читал лекции по истории в Санкт-Петербургском Университете (с 1884 г. – ординарный профессор Университета). С 1880 по 1890 гг. состоял редактором журнала «Христианского Чтения». В журнале «Церковный Вестник» с 1875 по 1891г. печатал ежегодные исторические обозрения: «Православный Восток» и «Инославный Запад в минувшем году». Член Православного Палестинского Общества. С 1899 г. – в отставке. Придавал самое серьезное значение первому настоящему научному опыту студента — кандидатской диссертации. В своем духовном завещании предоставил С.-Петербургской Академии две тысячи рублей с тем, чтобы проценты с них ежегодно выдавались за лучшее кандидатское сочинение по истории восточной церкви после седьмого Вселенского Собора. 2 августа 1901 на 68 году жизни скончался от прогрессивного паралича мозга.

Литература о проф. И.Е. Троицком

1. Машезерский И. Памяти заслуженного ординарного профессора Ивана Егоровича Троицкого. // ОЕВ. 1901. № 17. С. 515-522.
2. Жукович П. Памяти заслуженного профессора И. Е. Троицкого. // ЦВ. 1901. № 32. С. 1009-1015.
3. Мелиоранский Б.М. И.Е.Троицкий. Некролог // ЖМНП. 1901. Ноябрь-декабрь. С.106-114.
4. Пальмов И.С. Памяти профессора Ивана Егоровича Троицкого // ХЧ. 1903. Май. С.677-701.
5. Русские писатели-богословы. Историки Церкви. Исследователи и толкователи Священного Писания. Библиогр. указ. – 2-е изд. М., 2001. С.154-157.
6. Герд Л.А. Введение. Константинопольский патриархат и Россия конца XIX в. // Россия и Православный Восток: Константинопольский патриархат в конце XIX в. Издание подготовила Л.А.Герд. – СПб.: «Издательство Олега Абышко», 2003. С.7-46.
7. Герд Л.А. И.Е.Троицкий: по страницам архива ученого // Мир русской византинистики. Материалы архивов Санкт-Петербурга. Под. ред. И.П.Медведева. СПб., 2004. С.8-40.
8. Люляк С.А. Жизнь и труды профессора СПбДА Троицкого Ивана Егоровича (1832-1901). Дипл. раб. Машинопись. СПб.: СПбПДА, 2006. – 104с.