Владимир Михайлович Гундяев начал свое обучение в Ленинградской Духовной Семинарии 1 сентября 1965 года. Рекомендацию для поступления Владимир получил от митрополита Ленинградского и Новгородского Никодима (Ротова). В ней были следующие слова:

«Владимира Гундяева знаю около двух лет как честного прихожанина Николо-Богоявленского Кафедрального собора. Он имеет искреннее призвание к пастырскому служению и потому хочет получить духовное образование. Всецело рекомендую его к принятию в число воспитанников ЛДС».

Митрополит Никодим, 1965 год.

Успешная учеба 19-летнего студента способствовала быстрому прохождению семинарского обучения. За два года, с 1965 по 1967 год, Владимир осваивает четырехлетний семинарский курс по первому разряду — на «отлично» по всем предметам — и поступает в академию, в которой за три года проходит четырехлетний курс и заканчивает обучение 19 июня 1970 года также на «отлично». Уже во время учебы в семинарии Владимир нес послушание иподиакона митрополита, исполнял различные обязанности при епархиальном управлении. Со второго курса Владимир Гундяев получил право свободного посещения лекций, которые, по причине епархиального послушания, и так часто пропускал, не отставая при этом от сверстников в обучении. Совет академии в 1966 году дал следующую характеристику Владимиру Гундяеву: достаточно развитый по своему образовательному уровню юноша, безусловно опередивший многих. 4 апреля 1969 года, на третьем курсе академии, Владимир принимает монашеский постриг, 7 апреля того же года митрополит Никодим, совершивший постриг, рукополагает его в сан диакона, а 1 июня – во иеромонаха. «Отличных способностей, хорошо воспитан, отличается интеллигентностью; дисциплинирован», – такие слова в 1969 году были сказаны о студенте Владимире Гундяеве ректором академии епископом Тихвинским Германом (Тимофеевым; ныне митрополит Волгоградский и Камышенский). В 1970 году иеромонах Кирилл оканчивает обучение в академии, получив степень кандидата богословия за работу «Становление и развитие церковной иерархии и учение Православной Церкви о ее благодатном характере». С июня 1970-го он становится профессорским стипендиатом, помощником инспектора, преподавателем догматического богословия в родной Духовной школе. С августа того же года на иеромонаха Кирилла налагается еще более ответственное церковное послушание: оставаясь преподавателем академии, он назначается личным секретарем митрополита Никодима. 12 сентября 1971 года во внимание к усердному служению иеромонах Кирилл награждается саном архимандрита. Несколько лет, с 1971 по 1974 год, архимандрит Кирилл был представителем Московского Патриархата при Всемирном Совете Церквей в Женеве. Активная внешнецерковная деятельность будущего председателя Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата началась еще во времена студенчества. С 26 декабря 1974 по 26 декабря 1984 архимандрит Кирилл был ректором Ленинградской духовной академии. Десятилетнее руководство Духовными школами стяжало будущему Патриарху славу ректора, уважаемого и учащими, и учащимися. В 1976 году архимандрит Кирилл был рукоположен во епископа Выборгского, а в 1977 году — возведен в сан архиепископа. Будучи ректором, владыка Кирилл не оставлял преподавание, в 1978 году он — доцент кафедры патрологии. Одним из самых важных дел Преосвященного ректора было открытие в 1979 году регентского отделения при академии, где имели возможность обучаться девушки. Кроме перечисленных обязанностей владыка Кирилл выполнял послушания:

• с 1975 по 1982 годы – председателя епархиального совета,
• с 1976 по 1978 годы – заместителя Патриаршего экзарха Западной Европы,
• с 1978 по 1984 годы – управляющего Патриаршими приходами в Финляндии.

В 1984 году архиепископ Кирилл освобожден от должности ректора и переведен на Смоленскую кафедру. За это время владыка был награжден орденами Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской, Русской, Грузинской, Болгарской, Элладской, Чехословацкой и Финской Православных Церквей. В 1986 году Совет СПбПДА избрал архиепископа Кирилла почетным своим членом. В 2009 году Совет СПбПДА присвоил Патриарху Кириллу степень доктора богословия. Такова многолетняя связь Святейшего Патриарха Кирилла и Петербургских духовных школ.