Родился 9 ноября 1893 года в с. Молоденки Епифанского уезда Тульской губернии в семье священника. Окончил Белевское духовное училище и в 1912 году – первым студентом – Тульскую духовную семинарию, по окончании которой был направлен в Петербургскую духовную академию для продолжения образования на казенный счет. В 1917 году он окончил академию по первому разряду магистрантом. За сочинение по кафедре нравственного богословия «Религиозно-нравственное мировоззрение святого Тихона Задонского», заслужившее высокую оценку оппонентов, Зеленецкий получил степень кандидата богословия и денежную премию.
Одновременно Зеленецкий учился в Петроградском археологиеском институте, который также окончил в 1917 г, став действительным членом Археологического института.
В 1917-1949гг – преподавал в школах Петрограда (Ленинграда), затем Тульской области. С февраля 1949 г. – секретарь Ставропольского епархиального управления, преподаватель истории русского раскола и сектоведения и помощник инспектора Ставропольской духовной семинарии.
С сентября 1949 года – преподаватель Ленинградской Духовной академии по кафедре Священного Писания Нового Завета (Апостольские послания и Апокалипсис). В октябре 1949 Совет академии избрал И.И. Зеленецкого доцентом той же кафедры (15 ноября утвержден Патриархом). Преподавал в разное время также Священное Писание Ветхого Завета, нравственное богословие, стилистику русского языка, латинский язык.
В 1969 году, в связи с 20-летием преподавательской деятельности И.И.Зеленецкий, по представлению митрополита Ленинградского и Новгородского Никодима, награжден Патриархом Алексием I орденом св.кн.Владимира III степени.
В июле 1969 г. по болезни ушел на пенсию.
«Иван Иванович Зеленецкий был человеком исключительной души. Он никогда никого не осуждал, был снисходителен к немощам ближних, всегда со всеми приветлив и вежлив. Всякое послушание он выполнял безропотно и с большим желанием. Много лет он был классным наставником в семинарии» — впоминал профессор ЛДА В. Бронский.
Умер И.И.Зеленецкий на 80-м году жизни 31 декабря 1972 года, 2 января в академическом храме епископ Тихвинский Мелитон, ректор ЛДА в сослужении академического духовенства совершил отпевание.
Сдержанность и добросовестность, исполнительность и требовательность к себе – отметил владыка Мелитон на отпевании, были характерными чертами И.И.Зеленецкого, благодаря которым он снискал любовь учащихся и сослуживцев.
Погребен И.И.Зеленецкий на Шуваловском кладбище Ленинграда.
Исп. Некролог //ЖМП.1973.№5.