В октябре 2018 года, согласно распоряжению Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор), образовательная программа по направлению подготовки 48.04.01 Теология (уровень магистратуры), реализуемая Санкт-Петербургской Духовной Академией, проходила аккредитационную экспертизу. С 15 по 30 октября 2018 года члены экспертной группы проверяли учебно-методическую документацию, достаточность материально-технической базы, организацию учебного процесса и научно-исследовательской работы, выполнение требований Федерального государственного стандарта высшего образования.

31 октября 2018 года по результатам аккредитационной экспертизы руководитель Рособрнадзора подписал приказ № 1487 «О переоформлении свидетельства о государственной аккредитации образовательной деятельности Религиозной организации – духовной образовательной организации высшего образования “Санкт-Петербургская Духовная Академия Русской Православной Церкви”», согласно которому образовательная программа по направлению подготовки 48.04.01 Теология (уровень магистратуры), реализуемая Санкт-Петербургской Духовной Академией, получила государственную аккредитацию.

В ноябре 2018 года Санкт Петербургской Духовной Академии выдано приложение №2 к свидетельству о государственной аккредитации от 08.12.2016 №2405 (серия 90А01 №0016354), разрешающее реализацию аккредитованной образовательной программы по направлению подготовки 48.04.01 Теология (уровень магистратуры) до 08 декабря 2022 года.

Руководство Санкт-Петербургской Духовной Академии выражает благодарность всем членам профессорско-преподавательской корпорации и сотрудникам, участвовавшим в подготовке материалов, необходимых для проведения государственной аккредитации.