5 декабря 2015 года, в день преставления Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, духовенство, учащие и учащиеся Санкт-Петербургской Духовной Академии собрались в академическом храме апостола и евангелиста Иоанна Богослова, чтобы вознести молитвы об упокоении бессмертной души покойного Предстоятеля Русской Православной Церкви, внесшего огромный созидательный вклад в ее современную историю.

Служение панихиды возглавил иеромонах Геннадий (Поляков). Ему сослужили: священник Андрей Парафенюк; иеромонах Варфоломей (Магницкий); священники Александр Кузнецов и Глеб Санюк; иеромонахи Сергий (Иванов), Афанасий (Букин), Виталий (Морозов) и Феодосий (Желновачев); священник Евгений Мельников; иеромонах Кирилл (Порубаев); протодиакон Кирилл Журавлев, иеродиаконы Владимир Палибрк и Андрей Дурнев. Пели мужской хор Академии под управлением студента 4 курса бакалавриата Марка Качанкина, смешанный хор под управлением монахини Ксении (Каньшиной). В храме молились преподаватели и сотрудники, студенты всех отделений Духовной Академии. По окончании заупокойного богослужения приснопамятному Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию была троекратно пропета «Вечная память». Святейший Патриарх Алексий II, выпускник Санкт-Петербургской (Ленинградской) духовной академии, сыграл значительную роль в современной истории Русской Православной Церкви, возглавив ее в переломные для нашего Отечества годы, когда после смены политического режима в условиях нестабильности и острых социальных противоречий Церкви было необходимо четко и ясно сформировать свою позицию, избежать втягивания в политические игры и урегулировать внутренние разногласия. 5 декабря 2013 года, когда Русская Православная Церковь молитвенно отмечала скорбную дату 5-летия со дня преставления Святейшего Патриарха Алексия, после окончания заупокойной Божественной литургии в храме апостола и евангелиста Иоанна Богослова ректор Духовной Академии тогда еще епископ (ныне архиепископ) Петергофский Амвросий в архипастырском слове, посвященном памяти покойного Первоиерарха в частности отметил:

«Он был избран в очень непростой период для нашего Отечества и для тех стран, которые находятся в канонической ответственности нашей Православной Церкви, когда разваливалась страна, когда Россия была на грани гражданской войны. Очень мощные, опасные процессы происходили в жизни людей. Церковь, которая в то время получила огромный авторитет, обрела такого Предстоятеля, в руке которого был жезл любви, правды, удивительной доброты, мудрости и смирения. Именно с помощью этого жезла он правил Русской Церковью на протяжении своего Первосвятительского служения. Правил таким образом, что люди сегодня ежедневно идут к месту его погребения, несут цветы, совершают молитвы о его упокоении и дерзновенно просят его молитвенного заступничества перед Царем Славы там, куда нам всем надлежит в свое время перейти».

«Мне хотелось бы пожелать в этот день, чтобы и в вашей жизни были такие наставники, которые были бы для вас примером; примером преданного и самозабвенного служения людям и Святой Церкви; примером того, как человек, занимая высокий пост, может оставаться простым; примером того, как много он сеет вокруг себя разумного, доброго, вечного, совершая в тайне добрые дела»