Если попытаться определить, где находится сердце Санкт-Петербургской Духовной Академии, то этот жизненный центр стоит искать только в одном месте – в домовом храме в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Это сердце начало биться более века тому назад. В тот самый момент, когда в только что построенном храме Духовного учебного заведения, вознеслись к Богу первые молитвы. В последующие годы многие поколения студентов и преподавателей Академии переступали порог Иоанновского храма, чтобы обрести здесь самый ценный опыт, какой только может быть у христианина – опыт молитвенного общения со своим Творцом. И сегодня в храме апостола Иоанна Богослова продолжает свершаться одно из самых значимых событий в жизни учащихся Духовной Академии – здесь студенты принимают священный сан, в алтаре академического храма они впервые предстают пред престолом Божиим в совершенно новом качестве – как преданные служители Господа и Церкви. Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Варсонофий:

«Господь призывает всех нас стать добрыми пастырями и хочет вверить нам Свое стадо. А для того, чтобы стать таковым, надо конечно многому научиться. И, конечно, пример любознания подает нам Иоанн Богослов. Ведь почему ему были даны откровения? Потому что он больше всех любил Господа, Который дает нам знания, но для восприятия нужна чистота сердца, нужна вера, нужны добрые дела и нужна благодать Божия. Все это мы можем стяжать, когда находимся в стенах Духовной школы. А после этого нам предстоит большая работа, службы, скорби. Конечно, здесь нам надо научиться не только как крестить, венчать и отпевать. Здесь нужно научиться любить людей, ведь ни чем иным, как любовью, мы не сможем привести людей ко Христу».

9 октября 2017 года, в день памяти апостола и евангелиста Иоанна Богослова, богослужение в академическом храме совершил митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Варсонофий в сослужении ректора Духовной Академии архиепископа Петергофского Амвросия, архиепископа Салехардского и Ново-Уренгойского Николая, епископа Сафитского Димитрия (Сирия), епископа Тихвинского и Лодейнопольского Мстислава и многочисленного сонма духовенства из числа преподавателей, выпускников разных лет и гостей Духовной Академии. За Литургией митрополит Варсонофий прочитал молитву о мире на Украине. Во время причащения духовенства с проповедью к верующим обратился иеромонах Геннадий (Поляков), в которой рассказал о том, как на примере жизни святого апостола Иоанна Богослова каждый христианин может научиться верности Богу и любви к ближнему. По окончании Божественной литургии митрополит Варсонофий огласил Патриаршее приветствие, поздравил от себя лично ректора, начальствующих, учащих и учащихся Духовной Академии с престольным праздником академического храма и подарил Академии икону святого праведного воина Федора Ушакова, 200-летие со дня преставления которого празднует в этом году Русская Православная Церковь. Ректору академии владыка митрополит на память преподнёс крест и панагию с изображением апостолов Петра и Павла. Библиотекарю Духовной Академии Т.В. Абарцумовой в связи с 70-летием со дня рождения Управляющий делами Московской Патриархии вручил Патриаршую награду — орден святой Ефросинии Московской III степени. В ответном слове архиепископ Амвросий сердечно поблагодарил митрополита, сослужащих архиереев и духовенство за поздравления и дары, а также выразил благодарность всем гостям Академии за совместную молитву. На память о служении в праздничный день архиепископ Амвросий преподнёс митрополиту Варсонофию образ святителя Николая — фреску, выполненную студентами иконописного отделения по технологии преподобного Андрея Рублева: роспись по сырой штукатурке. Приветственные слова и поздравления в адрес Духовной Академии по случаю престольного дня продолжились за праздничным обедом. Череду поздравлений начал Высокопреосвященнейший Николай, архиепископ Салехардский и Ново-Уренгойский. Он рассказал о своей северной епархии и условиях жизни в ней, напомнив о людях, которые живут там и ждут Божиего слова. Владыка призвал студентов не бояться распределения и пригласил в свою епархию. От лица Киевской Духовной Академии выступил архимандрит Феодосий (Марченко) – помощник проректора по воспитательной работе. Он зачитал поздравление митрополита Бориспольского и Броварского Антония — ректора Киевской Духовной Академии и передал в дар академические издания. Игумен Даниил (Василенко), и.о. проректора по воспитательной работе Московской Духовной Академии, огласил приветственное слово ректора Московской Духовной Академии, председателя Учебного комитета Русской Православной Церкви архиепископа Верейского Евгения, передал печатные труды преподавателей МДА и поделился своими личными впечатлениями от знакомства с Духовной Академией Северной столицы. В своём ответном слове владыка ректор передал благодарность и поздравление архиепископу Евгению с 60-летием со дня его рождения, который владыка отмечает в этот день. Доцент Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета протоиерей Лев Семёнов поздравил преподавателей и студентов СПБДА от имени Учёного совета университета и передал труды ПСТГУ 2017 года издания. От лица городской власти и учебных заведений Санкт-Петербурга выступили начальник Отдела по связям с религиозными объединениями Администрации губернатора Санкт-Петербурга В.Г. Иванов, зачитавший поздравление губернатора Санкт-Петербурга Г.С. Полтавченко, а также ректор государственной химико-фармацевтической Академии Игорь Анатольевич Наркевич, который отметил, что СПбДА является духовным центром города.