Заупокойную Божественную литургию и чин отпевания архимандрита Ианнуария совершил ректор Санкт-Петербургской Духовной Академии архиепископ Амвросий. Перед отпеванием владыка зачитал соболезнования Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. Архиепископ Амвросий:«Господь судил мне встретить отца Ианнуария в 1975 году на первом курсе нашей Духовной Академии. Он был вторым, кто в это сложное время пришёл в Духовную школу с высшим образованием. Он был человеком, который, конечно же, по своему образованию, да и по возрасту, был на голову выше своих сокурсников и мы много у него заимствовали. Он, как я сейчас вспоминаю, объяснял нам математическое доказательство Бытия Божия отца Павла Флоренского, рассказывал много вещей из науки того времени, которая, по его мнению, могла привести к вере.
Для него Новый Завет был не просто сакральным текстом: этот текст позволял ему раскрывать те глубокие, вечные смыслы, ради служения которым он и пришел в Церковь. И он всегда запоминался вот этим глубоким, внимательным проникновением в тексты священного Писания, в раскрытие, казалось бы, мелочей, по-новому высвечивающих вечные истины.
Его уход из жизни действительно является чрезвычайно горестным, потому что многие студенты не услышат его блестящего слова, его прекрасных лекций. Но с другой стороны, мы как верующие люди понимаем, что для Господа более ясно, когда, как и кого привести в эту жизнь и когда нас из этой жизни уводить. Мы верим, что слово, которое проповедовал отец Ианнуарий, сохранится в сердцах его благодарных учеников, что оно будет передаваться из поколения в поколение, и тот жизненный путь, который прошел отец Ианнуарий, будет во многом благодатным примером для тех, кто посвятит себя служению Слову Божию».
Грустные песнопения волнуют сердца пришедших проститься. Естественная человеческая скорбь выступает слезами даже на глазах у мужчин, которым совершенно нечего этого стыдиться. И лишь в последние мгновения, когда гроб уже опустился в яму на Никольском кладбище Александро-Невской лавры, все встает на свои места. Над вполне естественным, но все же земным чувством грусти, наконец, одерживает победу вера – хор запел стихиры Пасхи. Последние горсти земли падают на гроб под торжествующее «Христос воскресе!» Справка: За Божественной литургией и отпеванием архиепископу Амвросию сослужили ректор Минской духовной академии архимандрит Сергий (Акимов); первый проректор и заслуженный профессор Санкт-Петербургской Духовной Академии протоиерей Василий Стойков; протоиерей Александр Ранне; протоиерей Георгий Митрофанов; архимандрит Стефан (Садо); протоиереи Георгий Шмид, Александр Сорокин, Николай Преображенский; Иоанн Цьолко; Вячеслав Харинов, Владимир Хулап, Александр Глебов и Константин Костромин; иеромонахи Геннадий (Поляков) и Варфоломей (Магницкий); священники Димитрий Симонов, Андрей Парафенюк, Илья Макаров, Андрей Морозов, Даниил Ранне, Александр Зиновкин, Максим Устименко, Феодор Ибрагимов, Евгений Соколов, Иоанн Никитин, Вячеслав Завальный и Иоанн Депутатов; иеромонахи Афанасий (Букин), Феодосий (Желновачев), Кирилл (Порубаев), Онуфрий (Сонькин) и Лука (Пронских); протодиакон Константин Маркович; диаконы Антоний Копаев и Константин Подолей; иеродиаконы Даниил (Пронин) и Агафангел (Кочетков); диаконы Максим Кудрявцев, Андрей Силиванов и Павел Пигилев. Пели все три хора Духовной Академии: мужской под управлением чтеца Марка Качанкина, смешанный под управлением монахини Ксении (Каньшиной) и женский под управлением Лидии Масловой. Пресс-служба СПбДА«Как ректор Духовной Академии могу сказать, что отец Ианнуарий безусловно был величайшим церковным ученым. Но одновременно он был очень добрым человеком. И когда его ученость входила в некоторое противоречие с тем, чтобы явить любовь, он всегда отдавал предпочтение второму. Всегда со снисхождением, с любовью и терпением относился к недостаткам студентов и коллег-преподавателей. Какие бы сегодня ни звучали слова, они меркнут на фоне того слова, которое нашими устами произнесет Святая Церковь».